Ο κίνδυνος της αμνιοπαρακέντησης για αποβολή είναι μικρότερος του 1/300 (μια μετανάλυση τον υπολογίζει 0,2%, δηλ 1/900) και οι άμεσες επιπλοκές θεωρούνται ότι εμφανίζονται μέσα στο επόμενο 24ωρο. Η επέμβαση δε φαίνεται να σχετίζεται με πρόωρο τοκετό. Για την πρόωρη ρήξη των εμβρυϊκών υμένων 3 εβδομάδες μετά, κανείς δεν μπορεί να γνωρίζει αν θα συνέβαινε ούτως ή άλλως ή ευθύνεται η επέμβαση.