Όταν το ποσοστό του ελεύθερου εμβρυϊκού DNA δεν είναι αρκετό (μεγαλύτερο του 4%), ή η γυναίκα είναι υπέρβαρη, το μη επεμβατικό τεστ δεν μπορεί να βγάλει αποτέλεσμα. Τα περιστατικά αυτά αυξάνονται στα δίδυμα που η διαδικασία ελέγχου είναι πιο πολύπλοκη.